养猪业在过去虽然有较高的产值表现及强势的竞争力，然而产业内部长期以来生产效率不佳，生产成本高居不下也是 周知的事实，也突显出产业欠缺压力，他们 习惯于维持现状且无心改善的潜在危机。养猪的生产效率可以从几项重要的数据资料观察出，如生产成本，饲料效率，繁殖效率等等。影响养猪业者的获利多寡，除了猪价的变动的外，较重要的是 生产成本的高低。生产成本的高低不论是 对个别的养猪业者或是 整个养猪业都有重要的意义，对个别养猪业者而言，生产成本的降低即代表获利空间增加的可能，而就产业而言，整体生产成本的降低更可视为是 产业竞争力提升。
养猪生产成本在不同的国家，有其不同的条件背景，因此，单就生产成本的数字直接进行比较是 不适宜的。举个例子，美国由于土地资源丰富，不论是 农业或是 养猪业都可进行大规模的生产，因此养猪饲料非 常廉价且具经济性，其他国家无法与之抗衡，欧洲国家劳工成本明显高于其他地区国家，南美洲国家虽然劳力成本较低，固定成本的投资却必需负担较高的利息与折旧费用。由此可知，影响养猪成本的因素众多，在不同国家或不同地区都有其不同的影响要素，单就养猪成本的表面数字进行比较并不能反映生产条件的差异说明生产效率的优劣，因此润作为主要的基准。只要能合理的养猪成本应以本国的情况进行考量也无法，以利在本国有足够的利润，即使养猪成本略高于其他国家，也不会影响产业的生存，反之，没办法赚钱的话，养猪成本再低也没有任何意义。
由于我国饲料谷物生产不足依赖进口，饲料费用约占总生产成本的70%左右，因此饲料效率的优劣是 影响直接生产成本的较关键因素。近十余年养猪业总体的饲料效率并没有太大的变化，与总在养猪头数以及养猪户数的间没有直接的关联，也没有随着技术的提升而有改善的趋势。饲料效率为养猪户在生产过程中的一项重要参考指标，不但反映出饲养水平、资源的使用效率，更可看出从业者在饲养过程中对猪场管理的用心程度。事实上，我国养猪业者普遍忽视猪场的管理，疏于尝试改善饲养过程来提升生产效率，例如：大部分养猪户多采用传统的水泥平面猪舍，配合自动给料设备饲养猪只，然而猪只在进食时往往造成或多或少的饲料四处散落，散落的饲料随即在每天的猪舍清洗过程中被冲入污染防治设备，如此不但造成饲料的浪费，更增加污染防治设备的负荷。近十余年养猪业总体的饲料效率的居高不下，足以说明养猪业者习于维持现状，欠缺改善及创新的事实。
我国养猪技术水平，虽为国际养猪界所公认，但产业内部的整体体质如生产成本、生产效率、卫生防疫等相较于其他养猪国家，实有极大的改善空间，因此为达养猪业的可持续经营，健全产业体质，自动化养猪设备降低生产成本，提升生产效率为必然的首要工作，更是 未来养猪业能否可持续经营的关键因素。
我国的养猪业多以中小型养猪户为主，并不具备技术研发或创新的资金与能力，因此多无法单独的去面对环保的要求，比如，要使废水处理达到预期的处理效果，使放流水符合标准，需配合充分的操作条件及经验技术，一般的养猪户往往缺乏足够的知识及技术，处理效果不佳，即使正常开机也无法达到法规的要求。因此，养猪造成的环境污染必须依赖农政单位的技术提供及资金补助。
农政单位在推广之初多着重于污染防治设备的设置与否，对于后续的技术提供、设备维护、操作情况的追踪等、欠缺完整的规划，因此实际上养猪户会因为种种原因而造成处理效率不佳，放流水无法符合标准。就养猪户的角 度，认为已经确实的进行污染防治工作，投资设备、投入人力操作等，因此对于仍然造成的污染多半无可奈何也欠缺进一步改善的动力，部分养猪户并无确实进行污染防治工作的意愿，对于设备的维护工作并不关心，更甚者视污染防治为应付环保单位的工作，空有设备而不运转。
单位对于业者的辅导也有努力，但普遍缺乏人力全面落实稽查工作，而且基于鼓励的因素，对于确实进行污染防治工作的养猪户，不论是 否符合标准，多采取柔性劝导从宽稽查。由此可知，长期着重管末处理，推行三段式废水处理，不但环境遭受污染无法改善，农政单位及养猪户的努力无法发挥效果，更牵制环保单位无法发挥其监督稽查的作用。
另外，我国的组织对于产业采取辅导与稽查分立的编制，主管机 关负责促进产业的发展、管理以及辅导工作，环保单位负责稽查，对于不符合法规标准的厂商具有依法告发处罚的职责。产业主管单位与环境稽查单位长期分立的结果，造成了诸多影响深远的结构性问题，环保单位稽查而不辅导，容易产生与养猪业者对立的关系，因此当环保单位欲推行新政策如水污费，往往会被业者认为是 干预或是 预期加重负担而不易得到认同，实际执行时更容易受到反弹；另外受限于人力不足及法令问题，环保单位多针对合法养猪场稽查，造成合法养猪业者的不满，认为鼓励非 法、惩罚合法。农政单位虽扮演辅导的角 色，但却不直接背负环境相关的责任，相较于产业本身的业务，污染防治工作只是 次要工作；因此污染防治相关的辅导多专注于简单快速的管末处理以求满足法规要求，因此养猪户普遍认为环保问题就只是 废水处理，使得养猪业丧失朝向污染源头减量，清洁生产的可能性。
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